Ủy ban Liên phái tố cáo chính quyền địa phương đang ngầm chống lại thực thi Thông cáo chung còn Ủy ban Liên bộ phủ nhận những cáo buộc này.[35]

Ngày 14/7/1963, hòa thượng Thích Tịnh Khiết gửi thư cho Tổng thống Ngô Đình Diệm thông báo quyết định tiếp tục đấu tranh bất bạo động để đòi hỏi thực thi nghiêm chỉnh bản Thông cáo chung, đồng thời ra thông bạch kêu gọi tăng ni và tín đồ tiếp tục đấu tranh trên nguyên tắc bất bạo động.[37]

Từ ngày 15/7/1963 tăng ni tại chùa Xá Lợi, và các thành viên Ủy ban Liên Phái bắt đầu tuyệt thực.[38]

Ngày 16/7/1963 hơn 150 tăng ni biểu tình trước nhà riêng đại sứ Mỹ kêu gọi Mỹ và các nước đồng minh của Việt Nam Cộng Hòa thuyết phục chính phủ Ngô Đình Diệm thi hành bản Thông cáo chung.[38]

Ngày 17/7/1963, trên 1000 người do hòa thượng Thích Quảng Độ dẫn đầu diễu hành từ chùa Giác Minh nhưng bị chặn lại. Cảnh sát phong tỏa 2 chùa này khiến trên 600 người bị cô lập trong chùa hơn 2 ngày.[38]

Cũng trong ngày 17/7/1963, khoảng 400 tăng ni diễu hành từ chùa Xá Lợi đến chợ Bến Thành để yêu cầu chính phủ thực thi bản Thông cáo chung. Sau khi tăng ni biểu tình, cảnh sát đồng ý dùng xe chở tất cả về chùa Xá Lợi. Thay vì về chùa Xá Lợi, xe rẽ về hướng miền Tây. Hai bên giằng co nên cảnh sát chở tất cả tăng ni đến chùa Hoa Nghiêm ở Phú Lâm và cô lập họ ở đây. Tại đây chính quyền lấy thông tin cá nhân của tăng ni và tổ chức họp báo. Chính quyền tố cáo tăng ni hành hung người thi hành công vụ còn phía tăng ni phủ nhận cáo buộc của chính quyền. Sau đó, Ủy ban Liên Phái đưa tất cả tăng ni về chùa Xá Lợi với sự hộ tống của xe cảnh sát. Trong cuộc biểu tình này có 50 tăng ni bị bắt.[39]

Cuộc đấu tranh bằng hình thức tuyệt thực của Phật giáo được dân chúng ủng hộ rất mạnh. Nhiều Phật tử tình nguyện đến chùa tham gia tuyệt thực với các sư sãi.[40]